| Tegal - Tegal Gudang | 1,6 km | Daop 4 Semarang | ? | Tegal - Tegal Gudang (Pelabuhan) |
| Pekalongan - Wonopringgo | 15 km | Daop 4 Semarang | 1943 | Pekalongan (aktif) - Tirto - Buwaran - Kepuh - Sapugarut - Kembangan - Podo - Kedungwuni - Kedung Patangewu - Wonopringgo |
| Kalibodri - Kendal - Kaliwungu | 17 km | Daop 4 Semarang | 1978 (Kaliwungu - Kendal), 1980 (Kendal - Kalibodri) | Kalibodri (aktif) - Pegandon - Pilang - Patebon - Kendal - Kendal Alun-alun - Cangkring - Brangsong - Kaliwungu (aktif) |
| Jurnatan - Demak | 25 km | Daop 4 Semarang | 1974 (Jurnatan - Tawang), 1986 (Tawang - Demak) | Jurnatan - Semarang Tawang (aktif) - Kemijen - Tenggang - Klajaran - Genuk - Menangen - Sayung - Batu - Wonokerto - Buyaran - Demak |
| Demak - Kudus | 26 km | Daop 4 Semarang | 1986 | Demak - Branjangan - Jebor - Ngaloran - Cangkring - Karanganyar - Tanggulangin - Kudus |
| Kudus - Juwana | 36,5 km | Daop 4 Semarang | 1986 | Kudus - Pasar Kliwon - Bendokerep - Bareng - Telogo - Kaliampo - Margorejo - Pati - Pati Alun-alun - Nglandangan - Guyangan Kruisspoor - Guyangan - Juwana |
| Juwana - Rembang | 23 km | Daop 4 Semarang | 1986 | Juwana - Asem Mocil - Batangan - Delok - Dresi - Tambakomben - Rembang Pasar - Rembang |
| Juwana - Tayu | 24,5 km | Daop 4 Semarang | 1975 | Juwana - Bakaran - Jetak - Trangkil - Tlutup - Kemiri - Bulumanis - Mergotuhu - Tayu Pasar - Tayu |
| Kudus - Mayong - Pecangaan | 23,7 km | Daop 4 Semarang | 1975 | Kudus - Jember - Kedungdowo - Kalisatmijen - Kaliwungu - Tunggul - Pelemkerep - Mayong - Bakalan - Purwogondo - Krasak - Pecangaan |
| Mayong - Welahan | 6 km | Daop 4 Semarang | 1942 | Mayong - Tigajuru - Paren - Welahan |
| Demak - Purwodadi | 38 km | Daop 4 Semarang | 1996 | Demak - Kadilangu - Pilangsari - Dempet - Tompe - Godong - Mulungan - Lekok - Nglejok - Purwodadi |
| Purwodadi - Wirosari - Blora | 66 km | Daop 4 Semarang | 1996 | Purwodadi - Mayahan - Jono - Ngantru - Sambirejo - Wirosari - Pengkol - Truwolu - Ngaringan Kruispunt - Ngaringan Pasar - Kunduran - Brengus - Klokah - Trembul - Ngawen - Kembang - Sembong - Tutup - Blora Pasar - Blora |
| Purwodadi - Gundih | 17 km | Daop 4 Semarang | 1986 | Purwodadi - Danyang - Boloh - Depok - Toroh SJS - Ngemplak - Gundih (aktif) |
| Wirosari - Kradenan | 11 km | Daop 4 Semarang | 1996 | Wirosari - Pengkol - Bleduk - Kuwu - Kradenan (aktif) |
| Rembang - Blora | 36,8 km | Daop 4 Semarang | 1984 | Rembang - Besi - Landoh - Sulang - Kemadu - Jukung - Mantingan - Ngampel - Medang - Basari - Blora |
| Blora - Cepu | 37 km | Daop 4 Semarang | 1984 | Blora - Brumbung - Jepon - Klampok - Cabak - Pasar Sore - Ledok - Kendilan - Cepu Kota - Cepu (aktif) |
| Rembang - Jatirogo - Bojonegoro | 94 km | Daop 4 Semarang & Daop 8 Surabaya (Jatirogo - Bojonegoro) | 1992 (Rembang - Jatirogo), 1999 (Jatirogo - Bojonegoro) | Rembang - Kabongan - Bangi - Lasem - Jebruk - Pandan - Sambonggaleng - Pamotan - Bedog - Ngandang - Tuder - Terongan - Sale - Kebonharjo - Jatirogo - Soko - Mojo - Bangilan - Laju - Tanjungrejo - Ngawun - Sembung - Rembun - Brangkal Kruncing - Ponco - Bojonegoro Kota - Bojonegoro (aktif) |
| Kedungjati - Ambarawa - Secang | 57,7 km | Daop 4 Semarang & Daop 6 Yogyakarta (Gemawang - Secang) | 1976 (segmen Tuntang - Ambarawa - Bedono beroperasi secara terbatas sebagai layanan wisata) | Kedungjati (aktif) - Ngombak - Tempuran - Gogodalem - Bringin - Telogo - Tuntang (aktif) - Ambarawa (aktif) - Jambu (aktif) - Bedono (aktif) - Gemawang - Grabag Merbabu - Candi Umbul - Brangkal - Secang |
| Purwokerto - Wonosobo | 88 km | Daop 5 Purwokerto | 1978 (Purwokerto Timur - Wonosobo), 2000 (Purwokerto - Purwokerto Timur) | Purwokerto (aktif) - Purwokerto Timur - Pasar Wage - Sangkalputung - Sokaraja - Banjarsari - Muntang - Karang Kemiri - Kemangkong - Purwareja/Purwareja Klampok - Gandulekor - Bantar - Mandiraja - Purwonegoro - Gumiwang - Binorong - Mantrianom - Pucang - Wangon - Banjarnegara - Sukanandi - Singomerto - Sigaluh - Prigi - Bandingan - Bojonegoro - Tunggoro - Selokromo - Krasak - Selomerto - Penawangan - Wonosobo |
| Banjarsari - Purbalingga | 6,5 km | Daop 5 Purwokerto | 1978 | Banjarsari - Jompo - Kalimanah - Purbalingga |
| Maos - Purwokerto Timur | 29 km | Daop 5 Purwokerto | 1942 | Maos (aktif) - Maos Pasar - Glempang - Sampang - Gambarsari - Mandirancan - Patikraja - Karanggede - Purwokerto Timur |
| Kutoarjo - Purworejo | 13 km | Daop 5 Purwokerto | 2010 | Kutoarjo (aktif) - Batoh - Grantung - Kenteng - Purworejo |
| Secang - Parakan | 27 km | Daop 6 Yogyakarta | 1973 | Secang - Nguwet - Kranggan - Guntur - Temanggung - Maron - Kedu - Parakan |
| Yogyakarta - Secang | 56 km | Daop 6 Yogyakarta | 1976 | Yogyakarta (aktif) - Kricak - Kutu - Mlati - Beran - Pangukan - Sleman - Medari - Ngebong - Tempel - Semen - Tegalsari - Dangeyan - Muntilan Kidul - Muntilan - Pabelan - Blabak - Blondo - Japunan - Mertoyudan - Banyurojo - Lembah Tidar - Magelang Pasar - Magelang Alun-Alun - Magelang Kota/Kebonpolo - Magelang Kramat - Payaman - Secang |
| Yogyakarta - Palbapang - Sewugalur | 28 km | Daop 6 Yogyakarta | 1943 (Palbapang - Sewugalur), 1973 (Winongo - Palbapang), 1980 (Yogyakarta - Winongo) | Yogyakarta (aktif) - Ngabean - Dongkelan - Winongo - Cepit - Bantul - Palbapang - Bajang - Batikan - Pekojan - Mangiran - Srandakan - Brosot - Pasar Kranggan - Sewugalur |
| Ngabean - Pundong | 27 km | Daop 6 Yogyakarta | 1943 | Ngabean - Timuran - Sidikan - Pasar Gede - Kuncen - Bintaran - Kedaton Pleret - Wonokromo - Ngentak - Jetis - Barongan - Patalan - Petrobayan - Pundong |
| Purwosari - Boyolali | 23 km | Daop 6 Yogyakarta | 1973 | Purwosari (aktif) - Gembongan - Kartasura - Bangak - Banyudono - Mojosongo - Boyolali - Boyolali Pasar/Sunggingan |
| Wonogiri - Baturetno | 16 km | Daop 6 Yogyakarta | 1978 | Wonogiri (aktif) - Somohulun - Gudangdongdong - Nguntoronadi - Gamping - Baturetno |
